鳥羽伏見の戦いで人斬り抜刀齋と恐れられた剣客が居た。時が流れ明治１１年。ある陰謀により嫌がらせを受けていた神谷薫の剣道場を助けた剣心。その陰謀は明治政府転覆を企てる内容で、人斬り抜刀齋を騙る人物を雇う実業家の悪事を暴く物語となっている。